El año 1999 marcó el fin de la etapa más importante en la construcción de la organización: la adquisición por parte del EBC (actualmente, el IBC) de su personería jurídica. El Congreso es una organización internacional no gubernamental sin fines de lucro. Las empresas miembro tienen una oportunidad real de conocer las condiciones comerciales de diferentes países, establecer contactos de negocios directos, cooperar en la realización de proyectos conjuntos, y celebrar acuerdos y contratos mutuamente beneficiosos en áreas de negocio específicas.
Las características distintivas más importantes del Congreso pasaron a ser la independencia, la autonomía y la falta de rendición de cuentas respecto de la estrategia y la táctica del desarrollo organizativo.
En 1999, se celebró en Atenas (Grecia) la segunda Asamblea General del Congreso, por invitación de Prometheus Gas. En la reunión, se discutieron los mecanismos de expansión de los contactos comerciales y el desarrollo de la infraestructura de las relaciones económicas internacionales. Hans-Dietrich Genscher, exministro de Asuntos Exteriores y vicecanciller alemán, participó en la conferencia como invitado de honor.
Ese año, se creó el sexto comité de trabajo, Industry and Construction (que pasó a llamarse Industry, Innovation and Prospective Development en 2016). N. Tolmachev, de Tubokomplekt Ltd., fue elegido presidente del comité de 1999 a 2002. De 2003 a 2006, el comité estuvo presidido por B. Budzulyak, de RAO Gazprom. Desde 2009, el comité está presidido por O. Aksyutin, vicepresidente del Comité de Dirección de Gazprom. El comité se centra en el desarrollo de mecanismos de cooperación internacional en la industria y la ciencia.
